Per quanto riguarda i formati Excel, PowerPoint o HTML, il modo più facile è quello di usare il conteggio del proprio strumento CAT. Praticamente tutti i CAT tool hanno un filtro per questi formati.
Per i PDF invece il discorso è più complesso e rimando alla domanda "Come si fa a tradurre un file in formato PDF?" per ulteriori dettagli.
Esistono comunque molti strumenti per il conteggio, alcuni gratuiti, altri a pagamento. Per un certo periodo mi sono trovato molto bene con PractiCount. Riporto qui comunque i più noti:
Strumenti specifici per i PDF
Per chi usa Foxit PDF Reader come lettore alternativo ad Adobe Reader, c'è da dire che Foxit ha un conteggio di parole integrato. Oppure si può installare abracadabra Compteur, https://www.abracadabrapdf.net/utilitaires/utilities-in-english/reader-utilities/abracadabracompteur_en/ che aggiunge uno strumento di conteggio ad Adobe Reader.
NB: Strumenti diversi daranno conteggi diversi. A volte, persino due versioni diverse delle stesso strumento danno conteggi leggermente diversi. Ciò dipende dal modo in cui sono stati programmati e non c'è niente che si possa fare. L'importante quindi è usare sempre lo stesso strumento e, soprattutto, concordare con il committente quale sia lo strumento usato che avrà la priorità. Cioè, se il cliente usa Word per i conteggi e il traduttore SDL Trados, bisognerà chiarire fin dall'inizio quale dei due conteggi sarà quello "ufficiale", pena malintesi e incomprensioni.